Seni Bela diri merupakan salah satu olah raga untuk Meningkatkan kebugaran jasmani dan rohani para Taruna/Taruni. Latihan dan perguruan seni bela diri ini diharapkan dapat menjadi pegangan para taruna kelak baik untuk olah raga maupun menjaga diri pribadi. Eskul karate di SMK Pelayaran Semarang merupakan bagian dari seni beladiri karate Gabdika Shito Ryu Kai.