Seni Bela diri merupakan salah satu olah raga untuk Meningkatkan kebugaran jasmani dan rohani para Taruna/Taruni. Latihan dan perguruan seni bela diri ini diharapkan dapat menjadi pegangan para taruna kelak baik untuk olah raga maupun menjaga diri pribadi. Eskul karate di SMK Pelayaran Semarang merupakan bagian dari seni beladiri karate Gabdika Shito Ryu Kai.
Kepramukaan merupakan salah satu kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan di SMK Pelayaran Semarang. Berbagai ketrampilan dikembangkan melalui kegiatan eskul ini dengan harapan nantinya dapat menjadi bekal para Taruna/Taruni dalam menjalani kehidupan di Masyarakat. Kepramukaan di SMK Pelayaran Semarang diorientasikan ke bidang Bahari, sehingga peran aktif para Taruna/Taruni banyak yang aktif di bidang kesakaan utamanya Saka Bahari.